Nascido em Recife, Pernambuco, João Augusto é formado em Engenharia Eletrônica e em Direito pela Universidade Federal de Pernambuco (UFPE). Ingressou no Ministério Público Especial junto ao TCE em julho de 2002 após ter sido aprovado em primeiro lugar no concurso de subprocurador, sendo promovido à condição de Procurador em dezembro de 2003.