Mitsuha, uma garota do ensino médio que mora na cidade de Itomori, na região montanhosa de Hida, no Japão, está entediada com a vida no campo e deseja que ela fosse um belo menino de Tóquio. Com sua avó e irmã mais nova, ela faz kuchikamizake saqué e deixa-lo como uma oferta no túmulo da família em uma montanha fora da cidade.

Taki, um garoto do ensino médio morando em Tóquio, começam a mudar de corpo intermitentemente. Eles percebem que isso não é um sonho quando seus amigos e familiares dizem que eles agiram estranhamente recentemente. Eles começam a se comunicar, deixando notas no caderno de Mitsuha e memorandos no telefone de Taki, e intervir na vida um do outro. Mitsuha ajuda Taki a desenvolver um relacionamento com seu colega Miki, enquanto Taki ajuda Mitsuha a se tornar popular na escola. Mitsuha diz a Taki sobre um cometa que espera passar a Terra em poucos dias, no dia do festival de sua cidade.