O Banese está cobrando aos seus correntistas – embora sem aviso prévio aos mesmos – pelo desconto de cheques de valores pequenos. Cheque no valor de até R$ 20,00 debita-se uma taxa de R$ 0,50. Cheque até R$ 40,00, debita-se uma taxa de R$ 0,40. Se a retirada for feita por cartão magnético, não há o desconto.

Em Aracaju, nenhum outro banco cobra esta taxa dos seus correntistas. A taxa é cobrada inclusive de servidores públicos que são obrigados a receber seus vencimentos pelo Banco do Estado de Sergipe.