Segundo o diretor do departamento de Modernização e Programas de Educação Superior do Ministério da Educação, Celso Carneiro Ribeiro, os alunos que conseguiram bolsa parcial do ProUni têm direito ao financiamento de 25% da mensalidade. Isso significa que com os 50% do programa, mais 25% do Financiamento, o valor da mensalidade pago pelo próprio estudante passa para 25%.

Após confirmar a matrícula, o aluno deve ir, entre 4 e 22 de julho, a uma agência da Caixa Econômica Federal para assinar o contrato do Fies, levando o comprovante de residência e o termo de concessão da bolsa do Prouni. O financiamento do Fies será retroativo ao início do ano letivo de 2005 e o aluno receberá abatimento nos próximos pagamentos das mensalidades. A taxa de juros do crédito é de 9% ao ano.