Todos os matadouros municipais instalados em Sergipe estão desativados por falta de licenciamento ambiental e pelo não cumprimento das exigências sanitárias adequadas para o abate de carne. A desativação ocorreu gradativamente após fiscalizações lideradas pelos Ministérios Públicos Estadual e Federal em parcerias com Adema, Emdagro e Covisa.
As primeiras desativações foram iniciadas com as operações desencadeadas pela Fiscalização Privativa Integrada (FPI). Essas ações culminaram com o fechamento dos matadouros de Muribeca, Nossa Senhora da Glória, Porto da Folha e São Francisco.
Com a repercussão das ações, em municípios como Campo do Brito, Canindé do São Francisco, Capela, Frei Paulo, Itabi, Ribeirópolis, os próprios gestores, percebendo a falta de condições adequadas para funcionamento, decidiram desativar os matadouros voluntariamente. Outros municípios tiveram os matadouros fechados por ordem judicial. São eles: Aquidabã, Carira, Cedro de São João, Indiaroba, Itabaiana, Lagarto, Riachão do Dantas, Riachuelo, Simão Dias e Umbaúba.
As operações envolvendo MPE, MPF, além de órgãos da Saúde e do Meio Ambiente foram intensificadas e culminaram com o fechamento dos matadouros de Arauá, Boquim, Cristinápolis, Estância, Itaporanga D’Ajuda, Nossa Senhora das Dores, Pedrinhas, Siriri, Tobias Barreto e Tomar do Geru. Nestes casos, com exceção de Dores e Siriri, os gestores assinaram termo de ajustamento de conduta se comprometendo a desativar os estabelecimentos, direcionando o abate de carne para instituições privadas.
Atualmente, de acordo com o MPF, apenas dois matadouros em Sergipe tem condições de funcionamentos. São estabelecimentos privados que estão instalados em Itabaiana e Propriá.
Confira a tabela do MPF, MP/SE e Emdragro com a situação dos matadouros em Sergipe :
| Município | Matadouro (S/N) | Situação |
| Amparo de São Francisco | Não | |
| Aquidabã | Sim | Fechado por ordem Judicial |
| Aracaju | ||
| Arauá | Sim | Municipal, fechado em Operação com posterior assinatura de TAC para desativação |
| Areia Branca | Não | |
| Barra dos Coqueiros | Não | |
| Boquim | Sim | Municipal, fechado em Operação com posterior assinatura de TAC para desativação |
| Brejo Grande | Não | |
| Campo do Brito | Sim | Fechado pelo Municipio |
| Canhoba | Não | |
| Canindé de São Francisco | Sim | Fechado pelo municipio por recomendaçao da ADEMA e EMDAGRO |
| Capela | Sim | Municipal, fechado voluntariamente pela prefeitura com assinatura de TAC |
| Carira | Sim | Fechado por ordem Judicial |
| Carmópolis | Não | |
| Cedro de São João | Sim | Fechado por ordem Judicial |
| Cristinápolis | Sim | Municipal, fechado em Operação com posterior assinatura de TAC para desativação |
| Cumbe | Não | |
| Divina Pastora | Não | |
| Estância | Sim | Municipal, fechado em Operação com posterior assinatura de TAC para desativação |
| Feira Nova | Não | |
| Frei Paulo | Sim | Municipal, fechado voluntariamente pela prefeitura com assinatura de TAC |
| Gararu | Não | |
| General Maynard | Não | |
| Gracho Cardoso | Não | |
| Ilha das Flores | Não | |
| Indiaroba | Sim | Fechado por ordem Judicial |
| Itabaiana | Sim | Fechado por ordem Judicial |
| Itabaianinha | Sim, 2 locais de abate | Fechado em Operação / Locais de abate privados |
| Itabi | Sim | Municipal, fechado voluntariamente pela prefeitura com assinatura de TAC |
| Itaporanga d’Ajuda | Sim | Municipal, fechado em Operação com posterior assinatura de TAC para desativação |
| Japaratuba | Não | |
| Japoatã | Não | |
| Lagarto | Sim | Fechado por ordem Judicial |
| Laranjeiras | Não | |
| Macambira | Não | |
| Malhada dos Bois | Não | |
| Malhador | Não | |
| Maruim | Não | |
| Moita Bonita | Não | |
| Monte Alegre de Sergipe | Não | |
| Muribeca | Sim | Fechado na FPI |
| Neópolis | Não | |
| Nossa Senhora Aparecida | Não | |
| Nossa Senhora da Glória | Sim | Fechado na FPI |
| Nossa Senhora das Dores | Sim | Municipal, Fechado na FPI /
Reaberto posteriormente / Fechado em Operação com posterior assinatura de TAC para desativação |
| Nossa Senhora de Lourdes | Não | |
| Nossa Senhora do Socorro | Não | |
| Pacatuba | Não | |
| Pedra Mole | Não | |
| Pedrinhas | Sim | Municipal, fechado em Operação com posterior assinatura de TAC para desativação |
| Pinhão | Não | |
| Pirambu | Não | |
| Poço Redondo | Não | |
| Poço Verde | Não | |
| Porto da Folha | Sim – 2 locais de abate | Fechados na FPI |
| Propriá | Não | |
| Riachão do Dantas | Sim | Fechado por ordem Judicial |
| Riachuelo | Sim | Fechado por ordem Judicial |
| Ribeirópolis | Sim | Fechado pela Prefeitura por recomendaçao da ADEMA e Justiça |
| Rosário do Catete | Não | |
| Salgado | Não | |
| Santa Luzia do Itanhy | Não | |
| Santa Rosa de Lima | Não | |
| Santana do São Francisco | Não | |
| Santo Amaro das Brotas | Não | |
| São Cristovão | Não | |
| São Domingos | Não | |
| São Francisco | Sim | Fechado na FPI |
| São Miguel do Aleixo | Não | |
| Simão Dias | Sim | Fechado por ordem Judicial |
| Siriri | Sim | Fechado em Operação MPF e MP-SE |
| Telha | Não | |
| Tobias Barreto | Sim | Municipal, fechado em Operação com posterior assinatura de TAC para desativação |
| Tomar do Geru | Sim | Municipal, fechado em Operação com posterior assinatura de TAC para desativação |
| Umbaúba | Sim | Fechado por ordem Judicial |
| TOTAIS | ||
| Locais de Abate/Matadouros Fechados | 35 | |
| Municípios | 32 | |
