A Universidade Federal de Sergipe teve sete cursos de mestrado e dois de doutorado aprovados pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes/MEC). Os cursos de mestrado aprovados foram Engenharia de Alimentos, Biotecnologia, Ecologia, Psicologia, Farmácia, Ciência e Engenharia de Materiais (em parceria com a UFRJ) e Letras (em Associação com a Ufal). Os de doutorado são: Educação e Ciência e Engenharia de Materiais (em parceria com a UFRJ).
Hoje, a instituição conta com dez cursos de mestrado e dois de doutorado. A qualificação do corpo docente, sobretudo através da contratação de professores com doutorado, o investimento em bibliografia e laboratórios, através do Programa Ensino de Qualidade (Proquali), e parcerias com outras instituições, a exemplo da Petrobras, são apontadas pelo reitor Josué Modesto dos Passos Subrinho como fundamentais para a construção das condições estruturais necessárias ao florescimento da pós-graduação strito sensu na UFS.
