Havia, então, uma motivação religiosa e moral, de ocupação da terra e controle de sua população, em grande parte indígena. Mesmo que o projeto jesuítico não tenha tido sucesso político e as pequenas aldeias fundadas em alguns pontos do território, restou uma intenção que sobreviveu nos séculos seguidos. A própria ação da guerra da conquista foi cercada por elementos da religião, com a criação de uma Freguesia (a de Nossa Senhora da Vitória, em 1590) e com, um pouco mais adiante (1592/1593), os serviços drásticos da Visitação do Santo Ofício, radicalizando os controles sociais e culturais.

Os Sacerdotes da Missão, Congregação estabelecida pelo Papa Urbano VIII, em 1626, tinham como primeiro empenho o trabalho de instruir e salvar os povos rurais, seguindo-se as ordens de piedade, estabelecidas por seu santo fundador. Missionários apostólicos foram, então, enviados pelo Papa que que trabalhassem na conversão dos infiéis e hereges.  As Missões eram, assim mais do que o proselitismo conversor, em diálogo aberto  sob a mediação de padres e frades que dedicaram seus esforços à causa da religião.

Jesuítas, franciscanos, beneditinos atuaram, largamente, até meados do século XVIII quando a política do Marquês de Pombal freou a presença de várias ordens, a começar com a expulsão dos jesuítas, em 1759. As Missões, contudo, não perderam seu papel redutor, associado à presença dos padres barbados, chamados de barbudinhos. A barba pareceu ser, à época, o referencial estético dos pregadores, afastando todos os outros que não cultivam o visual dos missionários italianos.

No século XIX a Província de Sergipe oficializou as missões em seu território, votando uma lei, a de nº 67, de 8 de março de 1841, sancionada pelo Presidente João Pedro da Silva Pereira e vazada nos seguintes termos:

Art. 1º – Haverá nsta Capital (São Cristóvão) um Hospício de religiosos capuchinhos italianos, encarregados de Missões por toda a Província, da Catequese, e Ensino da doutrina e moral evangélica.”

Três Missionários trabalharam em Sergipe por muitos anos, atendendo em Pacatuba, na Ilha de São Pedro, em São Cristóvão, e noutros pontos da Província. Um dos missionários – Frei Paulo Antonio Casanova, dedicou-se com maior afinco  à Missão do Chã do Jenipapo, no agreste sergipano, trabalho que começou a ganhar visibilidade em 1867, inaugurado em 1879, durante missão pregada pelo próprio Frei Paulo Antonio e pelo Frei Davi de Umbértide. A Igreja, dedicada ao Apóstolo São Paulo, que também deu nome ao povoado e assim passou a Distrito Administrativo, em 1861, e a Vila, independente de Itabaiana, em 1890 e finalmente foi elevada a cidade, em 1920. Mais tarde, São Paulo passou a ser denominada Frei Paulo, em homenagem ao trabalho de missionário do capuchinho italiano, que viveu em Sergipe de 1855 a 1872, cumprindo 17 dos 37 anos vividos no Brasil.

Houve, assim, um investimento orientado no sentido de fortalecer o contato com a população, através das Missões e do esforço dos missionários. Ganha destaque a Missão de São Pedro, na ilha do mesmo nome, subordinada a Porto da Folha, em Pacatuba, nas quais alguns religiosos, como Frei Doroteu de Loreto, Frei Cândido de Tággia, que integrou a vice prefeitura dos capuchinhos em Sergipe, sendo considerado um dos mais devotados à causa das missões populares. Muitos outros frades italianos viveram e deixaram marcas profundas em Sergipe. Há, ainda, o registro do trabalho de padres como Eusébio Dias Laços Lima, que viveu em Lagarto na primeira metade do século XVIII, Felismino Fontes, que foi vigário de Frei Paulo, e João Batista de Carvalho Daltro, vigário, por algumas décadas, do Lagarto, cada um com seu perfil e trabalho.